Diversas instituciones y organizaciones mexicanas han honrado a Médicos Sin Fronteras con premios y reconocimientos a nuestra labor en México y en el mundo.
- Premio Fray Antonio Alcalde del Hospital Civil de Guadalajara 2011
- Premio de la Asociación de Radiodifusores del Valle de México 2013
- Premio Kids Choice Awards “ProSocial” de Nickelodeon 2014
- Premio Juchimán de Plata de la Universidad Juárez Autónoma de Tabasco 2015